1、初始步驟:這是熱啟動PCR所必需的。將反應混合物加熱至94-98度以激活DNA聚合酶。這一步驟的時間取決于所選擇的DNA聚合酶。
2、變性步驟:DNA本身是雙鏈結構,DNA擴增需要引物和單鏈DNA模板的結合。在該步驟中,將反應混合物加熱至94-98℃20-30秒,以斷開雙鏈之間的氫鍵,從而釋放單鏈DNA。這是PCR周期的第一步。
3、退火步驟:變性后,DNA模板以單鏈形式存在于反應混合物中。由于反應系統中的引物與DNA模板互補,當反應溫度降至50-65度時,引物與互補序列形成氫鍵。
4、延伸步驟:在該步驟中,DNA聚合酶開始DNA合成,因此該步驟的溫度是DNA聚合酶的最佳溫度。我們通常選擇72度,但某些DNA聚合酶的最佳溫度是68度。這一步驟與體內DNA復制非常相似:DNA聚合酶根據堿基互補的規則將dNTPs添加到引物的3'端,最終獲得新的DNA雙鏈片段。
5、步驟2至4被稱為一個周期:每個周期后的DNA量是前一個周期的兩倍。通常,PCR反應需要30-35個周期。在前幾輪PCR循環中,PCR產物的數量以指數速率增加,但在反應后期,隨著dNTPs和引物數量的減少以及DNA聚合酶的失活,反應速率逐漸降低,因此PCR反應的產率也受到限制。
6、最終延伸步驟:在30-35個循環后,我們通常在68-74度下延伸5-10分鐘,希望完成反應系統中剩余的所有單鏈DNA的反應。